Wie een NHG-hypotheek afsluit, betaalt een premie van 0,7 procent van de koopsom om het garantiefonds op peil te houden. Bij volledig gefinancierde koopsom van bijvoorbeeld 325.000 euro kost de NHG-premie 2.275 euro. In 2011 bedroeg de NHG-premie nog 0,55 procent.
Ondertussen steeg het garantievermogen van NHG tussen 2019 en 2020 met bijna 6,5 procent naar 1,53 miljard euro. Daaruit werd in 2020 zo'n 800.000 euro aan klanten uitgekeerd die een beroep deden op de hypotheekgarantie. Dit komt vooral door de gestegen huizenprijzen, waardoor huizenbezitters zelden nog met restschuld hoeven te verkopen. Ter vergelijking: in 2014 keerde NHG nog 182 miljoen euro uit.
Vereniging Eigen Huis (VEH) roept het fonds op de premie te verlagen, omdat deze vooral een drempel opwerpt voor starters, een belangrijke doelgroep voor NHG. De premie hoort bij de kosten koper en moet uit eigen middelen worden gefinancierd. Wel krijgen afnemers van een NHG-hypotheek een rentekorting van gemiddeld 0,47 procentpunt.